Väljaheite pH on tavaliselt neutraalne või kergelt aluseline (6,8–7,5). Happelisem väljaheide, füsioloogiline ainult vastsündinul, võib viidata sooleinfektsioonidele (Escherichia coli, rotaviirus) või seedehäiretele, näiteks laktoosi- või rasvade talumatusele (pankrease puudulikkusest või sapiteede staasist tingitud steatorröa).
Kui väljaheidete pH kipub putrefaktiivse düsbioosi korral tõusma, kipub see vähenema fermentatiivse düsbioosi korral, mille põhjused on süsivesikute liigne allaneelamine või selle halb imendumine ( tsöliaakia). Isegi "rikkaliku lipiidide tarbimise korral", taimetoidul ja pikaajalise tühja kõhuga muutub väljaheite pH happeliseks.
Katsetulemuste moonutamise vältimiseks ei tohi väljaheide olla uriiniga saastunud ja see tuleb kiiresti jahutada, et vältida ammoniaagi ja mädanenud bakterite väljaheidete pH muutumist leeliseliseks.
